Instytut Pamięci Narodowej powołano w 1998 r., ale faktycznie zaczął działać w czerwcu 2000 r., wraz z powołaniem prof. Leona Kieresa na prezesa. Kilkanaście tygodni później, 15 września 2000 r., Janusz Kurtyka został dyrektorem Oddziału IPN w Krakowie. W Instytucie były wtedy tylko trzy piony merytoryczne: edukacyjno-naukowy, archiwalny i śledczy. W 2007 r. utworzony został pion lustracyjny, w roku 2016 oddzielono naukę od edukacji, a Instytutowi powierzono obowiązek działań w sferze upamiętniania walk i męczeństwa oraz poszukiwań i identyfikacji ofiar totalitaryzmów nazistowskiego i komunistycznego.