Urodził się 4 lutego 1910 r. w Kazimierzowie w powiecie gostynińskim. Był synem Bronisława i Stanisławy z d. Sieczkowskiej. Miał pięcioro rodzeństwa – czterech braci i siostrę. W drugiej połowie lat 30. pełnił służbę w Wojsku Polskim, w 10. szwadronie pionierów w Bydgoszczy. Po jej zakończeniu mieszkał z rodziną w Siedlcach i pracował jako kolejarz.
Zawodem tym trudnił się także podczas okupacji niemieckiej, jednocześnie działając w konspiracji. Należał do grupy niepodległościowej, która organizowała m.in. akcje sabotażowe na liniach kolejowych. Według rodzinnych wspomnień miały to być struktury ZWZ-AK. W tę działalność zaangażowany był także m.in. Roman Czeluściński, spowinowacony z rodziną Kałabunów. Poszukiwany przez okupantów za działalność podziemną Józef Kałabun musiał się ukrywać. W 1941 r. został aresztowany przez władze niemieckie i osadzony w obozie karnym w okolicach Krakowa. Następnie był przetrzymywany w więzieniach w Radomiu i w Krakowie przy ul. Senackiej 3 czyli tzw. więzieniu św. Michała.
Józef Kałabun został zamordowany 11 listopada 1943 r. Wraz z nim rozstrzelano trzy inne osoby, w tym prawdopodobnie Romana Czeluścińskiego. Następnego dnia ich ciała pogrzebano na cmentarzu Rakowickim w Krakowie. Okupanci nie poinformowali oficjalnie rodziny Józefa Kałabuna o jego losach. Jedynym śladem był list, wysłany w 1943 r. i zwrócony jego bliskim z adnotacją o śmierci adresata.
Józef Kałabun był przez lata uważany za jedną z ofiar masowych egzekucji na terenie Glinnika – Przegorzał, gdzie w latach 1939-1944 rozstrzelano nie mniej niż 125 osób. Typowanie to opierało się, z uwagi na skąpy materiał źródłowy, na powiązaniu domniemanej daty jego śmierci z datami egzekucji w Przegorzałach. Śledztwo Oddziałowej Komisji Ścigania Zbrodni przeciwko Narodowi Polskiemu IPN w Krakowie ustaliło jednak, że Józef Kałabun, a także trzy inne osoby zginęły na terenie więzienia św. Michała, a ich ciała zostały zakopane w dołach śmierci na cmentarzu Rakowickim. Na tej podstawie podjęto prace poszukiwawcze. Podczas ich pierwszego etapu w lipcu 2023 r. odnaleziono szczątki dwóch osób. Ujawniono przy nich artefakty, m.in. dwa medaliki z Matką Boską, guziki bieliźniane oraz mundurowe z okresu II wojny światowej. Badania genetyczne potwierdziły, że jedną z odnalezionych osób jest Józef Kałabun.


