Urodził się r. 6 maja 1928 r. w Klonowej w pow. sieradzkim. Był synem Józefa i Teodozji z domu Prażmowskiej. W latach 30. XX wieku ukończył szkołę powszechną. Jego dalszą edukację przerwał wybuch II wojny światowej. Po przyłączeniu ziemi sieradzkiej do tzw. Kraju Warty i włączeniu jej w granice III Rzeszy rodzina Machałów została wysiedlona przez Niemców do Generalnego Gubernatorstwa. Zamieszkała w Łąkcicy koło Krościenka nad Dunajcem. W 1945 r. Henryk Machała powrócił do nauki szkolnej, a w lipcu 1946 r. ukończył II Państwowe Gimnazjum im. Bolesława Chrobrego w Nowym Sączu. Jednocześnie zaangażowany był w działalność Katolickiego Stowarzyszenia Młodzieży Męskiej w Krościenku, gdzie blisko współpracował z ks. Janem Marszałkiem (wcześniej aresztowanym przez Niemców za działalność niepodległościową, więźniem KL Auschwitz, a następnie KL Dachau). Wspominał o tym ks. Bronisław Krzan: „W górach ogień buntu tlił się jednak nadal. Na początku lata 1947 r. wrócił z obozu w Dachau na swoją pierwszą placówkę w Krościenku ks. Marszałek. Aby przybliżyć miejscowym dolę partyzanta za okupacji, wystawił w Domu Parafialnym ułożoną przez siebie sztukę pt. »Tak było«. Główną rolę partyzanta grał […] H[enryk] Machała, syn właściciela tartaku z Łąkcicy. Drugie przedstawienie już się nie udało, gdyż Machała przystał do grupy »Mściciela«, następcy »Ognia«”.
W sierpniu 1947 r. Machała spotkał swoich kolegów z okolic Krościenka – Mariana Kozłeckiego „Grzmota” i Józefa Orkisza „Lotnego”, którzy byli wcześniej związani ze Zgrupowaniem Partyzanckim „Błyskawica” Józefa Kurasia „Ognia”. Wraz z nimi wstąpił do oddziału partyzanckiego „Wiarusy”, który kontynuował działalność niepodległościową w pow. nowotarskim, nowosądeckim i myślenickim. Na czele „Wiarusów” stał wówczas Józef Świder „Mściciel”. 25 sierpnia 1947 r. przyjął on Machałę w szeregi „Wiarusów”, nadał mu pseudonim „Gryf” i przydzielił broń – pistolet maszynowy pepesza. Niedługo po tym Machała uczestniczył w kilku akcjach rekwizycyjnych, m.in. w Zabrzeży, Czarnym Dunajcu, Porębie Wielkiej oraz w starciach z bezpieką.
W tym samym czasie, gdy Machała działał w szeregach „Wiarusów”, w konspirację zaangażował się także jego krewny Leon Machała „Wasyl”, który w pow. sieradzkim współpracował z poakowską organizacją Konspiracyjne Wojsko Polskie.
21 października 1947 r. „Gryf” uczestniczył w akcji przeprowadzonej w Szczawnicy, gdzie „Wiarusy” dokonały rekwizycji oraz stoczyły walkę z patrolem MO (zginął jeden z milicjantów, a drugi został ranny). Brał także udział 31 grudnia 1947 r. w likwidacji osoby podejrzanej o współpracę z UB. 13 lutego 1948 r. w obławie KBW w Lubniu poległ „Mściciel”, a kilka dni później zginął jego zastępca Dymitr Ilienko „Czarny”. Po ich śmierci położenie pozostających na wolności „leśnych” była bardzo ciężkie. Utracili dowódców oraz ziemiankę, w której się ukrywali i przechowywali broń oraz zapasy, a także aresztowanych kolegów i współpracowników.
Tę trudną sytuację opanowali wiosną 1948 r. dwaj doświadczeni partyzanci Tadeusz Dymel „Srebrny” i Kajetan Samborski „Duch”. Oddział „Wiarusy” podzielił się niebawem na dwie operujące samodzielnie grupy, dowodzone przez „Srebrnego” i „Ducha”. Ten ostatni nadał swojemu patrolowi nazwę „Zorza”. Machała, pod nowym pseudonimem „Jaxa”, dołączył do „Zorzy”. Samborskiemu udało się w tym czasie skontaktować z działającą w Poznańskiem organizacją Narodowy Ruch Oporu, wywodzącą się ze struktur Stronnictwa Narodowego. W porozumieniu z nią partyzanci rozpoczęli akcję o kryptonimie „Narodowy Ruch Antybolszewicki”, która polegała na kolportażu ulotek i odezw patriotycznych wśród ludności Podhala. Ich autorem był najlepiej wykształcony spośród partyzantów Machała.
Równocześnie przeprowadzali także kolejne akcje zbrojne. 19 września 1948 r. w Ochotnicy zastrzelili milicjanta Tadeusza Michalika, a cztery dni później w Łącku zorganizowali zasadzkę na milicyjny samochód. W jej wyniku zginęło czterech funkcjonariuszy MO. Gdy po tej akcji obławy nasiliły się, zagrożeni aresztowaniem partyzanci zdecydowali się opuścić Podhale. Jednak po drodze na stacji kolejowej w Wadowicach, podczas rewizji bagaży, funkcjonariusz SOK znalazł ukryty w walizce granat. Doszło do strzelaniny, w której zginął milicjant i dwóch cywilów, a sokista i dwie kolejne osoby cywilne zostały ranne. Zdekonspirowani członkowie oddziału próbowali najpierw powrócić na Podhale, ale orientując się, że tamten teren jest „spalony”, postanowili uciec za granicę. Wyjechali do Nysy, a następnie do Kłodzka, gdzie podzielili się. Machała, który był w tym czasie chory zrezygnował z wyprawy na Zachód i wyjechał do rodziny w woj. łódzkim, gdzie spędził zimę.
Wrócił na Podhale wiosną 1949 r. i dołączył do pozostającej tam drugiej grupy „Wiarusów” (używającej wówczas kryptonimu: „Znicz”), dowodzonej przez Stanisława Ludzię „Harnasia”, „Rysia”. Machała przyjął wówczas pseudonim „Lech”. Brał udział w kolejnych akcjach rekwizycyjnych, starciach z bezpieką oraz likwidacjach współpracowników UB.
Funkcjonariusze aparatu represji nie byli w stanie rozbić „Wiarusów”, dobrze zakonspirowanych i znakomicie znających teren. Postanowiono więc posłużyć się prowokacją i do rozbicia oddziału wykorzystać zdrajców współpracujących z UB. Do jego rozpracowania wykorzystano Stefanię Kruk, łączniczkę „Ognia” z czasów okupacji niemieckiej, która pod pseudonimem „S-21” współpracowała z bezpieką. Partyzanci, nie wiedząc o tym, darzyli ją dużym zaufaniem. Do pierwszego spotkania z nią doszło w 1948 r. W maju 1949 r. Ludzia ponownie się z nią skontaktował, próbując nawiązać łączność z większą organizacją konspiracyjną. Funkcjonariusze bezpieki postanowili to wykorzystać. W rolę „porucznika »Henryka« z Ruchu Oporu Armii Krajowej”, udającego przedstawiciela konspiracji, wcielił się Marian Strużyński (agent ps. „7”). Skontaktowany z partyzantami przez Stefanię Kruk, agent przedstawił propozycję przerzucenia ich za pośrednictwem rzekomego ROAK na Zachód. Ustalono, że partyzanci zostaną wywiezieni za granicę w dwóch turach. Pierwsza grupa, na czele z Ludzią wyjechała 16 lipca 1949 r.
Tymczasem nad przebywającymi w górach partyzantami dowództwo objął Jan Jankowski „Groźny”, a jego zastępcą został „Lech”. 24 lipca 1949 r. na polanie Surówki w masywie Lubonia Wielkiego doszło do spotkania „Wiarusów” z rzekomymi partyzantami ROAK, z którymi wspólnie mieli ochraniać konspiracyjną radiostację. W rzeczywistości w tę rolę grupy ROAK wcielili się przebrani funkcjonariusze UB i KBW. Zaskoczeni partyzanci zostali obezwładnieni i aresztowani.
Machałę i jego kolegów przewieziono do Krakowa. Śledztwo trwało trzy miesiące. 8 listopada 1949 r. rozpoczął się proces przed krakowskim Wojskowym Sądem Rejonowym, obradującym pod przewodnictwem Władysława Sierackiego (ławnicy Stefan Wyjaśniał, Ryszard Gawroński). 28 listopada komunistyczny sąd skazał Henryka Machałę na śmierć. Został zamordowany w więzieniu przy ulicy Montelupich w Krakowie 12 stycznia 1950 r. Spoczął na tzw. wojskowej części Cmentarza Rakowickiego w Krakowie.
W październiku 1950 r. matce Stanisława Ludzi udało się uzyskać informację, gdzie prawdopodobnie znajduje się wspólny grób jej syna oraz Henryka Machały. Doszło wówczas do ekshumacji i próby identyfikacji wydobytych z grobu szczątków. Wskazane przez Annę Ludzię szczątki pochowano w grobie, którym następnie zaopiekowała się rodzina, natomiast domniemane ciało nierozpoznanego przez bliskich Machały spoczęło w sąsiednim grobie, który w późniejszych latach przekazano na potrzeby następnych pochówków.
Wyniki prac poszukiwawczych przeprowadzonych w 2017 r. i ponownie w 2019 r., gdy badaniami objęto także drugi z grobów, w którym mieli spoczywać partyzanci oddziału „Wiarusy” oraz badania porównawcze DNA wskazywały na to, że w rzeczywistości ich ciała złożono w grobach w inny sposób niż zapisano w księgach cmentarnych. W rzeczywistości Henryk Machała spoczywał w grobie nr 15, w 8 rzędzie kwatery nr LXXXVII, wraz z Leonem Zagatą „Złomem”. Tam też zostały odnalezione jego szczątki podczas prac poszukiwawczych prowadzonych przez IPN w październiku 2019 r.
Za działalność konspiracyjną szykanowana była rodzina Machały. 5 lutego 1948 r. aresztowano jego ojca, matkę i dwóch braci. Z braku dowodów winy rodziców zwolniono z aresztu PUBP w Nowym Targu 15 maja 1948 r., brata Saturnina tydzień później, natomiast brata Hieronima wyrokiem WSR w Krakowie z 6 kwietnia 1948 r. skazano na rok więzienia. Prawdopodobniej aby chronić rodzinę przed dalszymi represjami, Henryk Machała wysłał 25 lipca 1948 r. do rodziców list zatytułowany „Gorliwi rodzice”, w którym sugerował, że współpracują oni z UB – być może z intencją, aby trafił on w ręce funkcjonariuszy bezpieki (tak się istotnie stało). Ojca, Józefa Machałę, ponownie aresztowano 26 czerwca 1949 r., lecz po miesiącu zwolniono, nie mogąc udowodnić mu współpracy z synem. Także w latach późniejszych przesłuchiwano go, podobnie jak Hieronima Machałę, np. przed wyborami, traktując ich jako „element niepewny politycznie”.